Болезнь вызывается вирусом. Поражается чаще всего подсосный молодняк. Взрослые животные болеют крайне редко. На ферме болезнь может возникнуть в любое время года и оставаться в течение ряда лет. Причем иногда слюнотечение, короткий срок поражает все стадо, а иногда только небольшую часть его и даже единичных животных. Это объясняется вирулентностью (болезнетворностью) вируса и устойчивостью организма кроликов. От инфекционного стоматита гибель молодняка может превышать 30% стада.
Особенно опасна болезнь в годы с большим числом осадков и резкими колебаниями температуры воздуха.